चंदखेडा पोलिस ठाण्यामध्ये दाखल करण्यात आलेल्या ‘एफआयआर’नुसार आसाराम बापूने सन २००१ ते २००६ या कालावधीत आश्रमातील एका शिष्येवर अनेक वेळा बलात्कार केला. विशेष सरकारी वकील आर. सी. कोदेकर यांच्या माहितीनुसार, न्यायालयाने आसारामला भारतीय दंड संहितेच्या कलम ३७६ २(सी) (बलात्कार), ३७७ (अनैसर्गिक गुन्हे) आणि इतर तरतुदींनुसार दोषी ठरवले आहे. आणखी एका बलात्कार प्रकरणात आसाराम बापूला शिक्षा सुनावण्यात आली असून, तो सध्या जोधपूर येथील तुरुंगामध्ये आहे.
सुरतमधील एका महिलेने आसाराम बापू आणि इतर सात जणांविरुद्ध बलात्कार आणि बेकायदा डांबून ठेवल्याचा गुन्हा दाखल केला होता. या प्रकरणी खटला सुरू असताना ऑक्टोबर २०१३मध्ये यातील एकाचा मृत्यू झाला. तर, जुलै २०१४मध्ये आरोपपत्र दाखल करण्यात आले होते. सत्र न्यायालयाने सोमवारी आसारामच्या पत्नीसह सहा आरोपींची निर्दोष मुक्तता केली.