वैदिक शिक्षण पूर्ण केल्यानंतर गुरु योगीराज सिद्ध यांच्या आदेशानुसार मोरया गोसावी यांनी ४२ दिवस थेऊर इथं जाऊन कठोर तपश्चर्या केली. ही तपश्चर्या बघून मोरया गोसावी यांना थेट गणपतीचं दर्शन झालं असं सांगितलं जातं. आईवडिलांच्या मृत्यूनंतर मोरया गोसावी हे पिंपरी चिंचवडच्या नदीच्या तीरावर आश्रम बांधून राहू लागले. चिंचवडच्या गणेश मंदिराची कथा अशी सांगितली जाते की, नदीमध्ये अंघोळ करत असताना मोरया गोसावी यांना एक गणेशमूर्ती सापडली आणि त्यांनी त्या मूर्तीची प्राणप्रतिष्ठा करून मंगलमूर्ती वाडा तयार केला.
मयुरेश्वर गणेश मंदिर महाराष्ट्रातील अष्टविनायक गणपतींपैकी एक आहे. असे सांगितले जाते की, वयाच्या ११७ वर्षापर्यंत मोरया गोसावी नियमितपणे मयुरेश्वर मंदिरात जात राहिले. परंतु वृद्धपणामुळे त्यांना मंदिरात जाणे शक्य होईना. यामुळे मोरया गोसावी नेहमी दुःखी राहत होते. एके दिवशी श्रीगणेशाने त्यांना स्वप्नात दर्शन देऊन सांगितले की, उद्या तुला स्नान करताना मी दर्शन देईल.
दुसऱ्या दिवशी चिंचवडच्या कुंडामध्ये मोरया गोसावी स्नानासाठी गेले. कुंडामध्ये डुबकी लावून बाहेर येताना त्यांच्या हातामध्ये श्रीगणेशाची एक छोटी मूर्ती होती. देवांनी त्यांना दर्शन दिले. ही मूर्ती मोरया गोसावी यांनी मंदिरात स्थापित केली. त्यानंतर यांची समाधीही येथे बांधण्यात आली. हे ठिकाण मोरया गोसावी मंदिर नावाने ओळखले जाते. गणपतीसोबत येथे मोरया गोसावी यांचे नाव अशाप्रकारे जोडले गेले आहे की, लोक येथे फक्त गणपती उच्चार न करता गणपती बाप्पा मोरया अवश्य म्हणतात. पुण्यातील याच गावापासून गणपती बाप्पा मोरया बोलण्यास सुरुवात झाली आणि आज देशभरात गणपती बाप्पा मोरया म्हटले जाते.